Rychlý kontakt
Náměstek pro vědu a výzkum
Tel:+420 221 977 305
Zástupkyně náměstka
Tel:+420 221 977 648
Sekretariát
Tel:+420 221 977 144
XGENE.ORG – veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat
Registrační číslo
IGA MZd NT 14539-3
Trvání od
2013
Trvání do
2015
Řešitel
Ing. Jiří Kléma, PhD., FEL, ČVUT Praha
Spoluřešitelé
Anotace
Projekt významně funkčně rozšiřuje stávající podobu veřejného XGENE.ORG web nástroje s cílem umožnit kombinaci a souhrnné vyhodnocení uživatelských mRNA, miRNA a metylačních dat se současným využitím všech vhodných zdrojů strukturované genomické znalosti. Kromě nástroje budou výstupem i výsledky dosažené ve spolupráci s konkrétními pracovišti zabývajícími se myelodysplastickým syndromem a tumory zárodečných buněk. Jádrem řešení budou pokročilé algoritmy relačního strojového učení a stochastické optimalizace, statistické metody a moderní metody pro tvorbu webových aplikací. Konkrétními výstupy nástroje budou 1) biologicky snadno popsatelné vzory ve tvaru množiny nebo anotované sítě specifických příbuzných elementů typu gen, bílkovina, miRNA sekvence nebo metylační ostrůvek spojených s konkrétní charakteristickou množinou biologických vzorků a 2) prediktivní modely určující neznámý fenotyp vzorku se známými hodnotami měřitelných molekulárních markerů.
